住房公积金贷款是缴存住房公积金的职工享受的贷款，国家规定，凡是缴纳了住房公积金的职工均可以按公积金贷款的相关规定来申请个人住房公积金贷款。
商业贷款是中国人民银行批准设立的商业银行和住房储蓄银行，为城镇居民购买自用普通住房提供的贷款，执行法定贷款利率。
区别1：商贷利率目前采用LPR加点的计算方式，5年期LPR是4.65%，公积金贷款5年以上利率是3.25%。
区别2：申请商业贷款要在办理过户之前审核贷款，公积金贷款是在办理过户之后审核贷款。
区别3：商业贷款批贷时间大约20个工作日，公积金贷款大约需要40个工作日，商业贷款快于公积金贷款。
区别4：商业贷款放款源头主要是商业银行等放贷机构筹集的社会公众资金，而公积金房屋贷款则是公积金缴费者缴纳的资金。
区别5：商业贷款针对所有符合条件的社会公众开放，而公积金贷款则只对缴纳公积金职工开放。
区别6：商业贷款的利息是商业行为的盈利，归相关的投资人，而公积金利息则是有政策规定用途，只能用于保障性住房建设。
区别7：商业贷款主要通过银行审批，决定权在银行；公积金房贷则需要通过公积金管理中心审批，决定权在公积金管理中心，银行只是执行机构。
区别8：不同银行和不同城市公积金管理中心规定不同，一般来说商业贷款可以选择的还贷期更长更灵活，额度更高。
区别9：商业贷款对二套房贷的政策性限制更多一些，利率更高；而公积金贷款则受二套房贷的政策影响较小，同样可以享受优惠利率。
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